Evaluation of the relationship between progression and SARS-CoV-2 viral load in COVID-19 cases in Ankara, Turkey.

INTRODUCTION: Patients infected with SARS-CoV-2 may present with varying clinical pictures. This study aimed to examine the relationship between viral load cycle threshold value, clinical prognosis and other laboratory parameters in initial swab samples on the day of hospitalization. METHODOLOGY: This retrospective and cross-sectional study included 112 patients, who were diagnosed with SARS-CoV-2 via the Bio-Rad CFX96 TouchTM system. Cycle threshold values for the RdRp gene obtained from reverse transcriptase polymerase chain reaction positive patients were recorded. RESULTS: The mean age of the 112 patients was 47.57 ± 17 years. No relationship was found in symptoms, pneumonia, oxygen need, follow-up in intensive care unit, and mortality between patient groups with cycle threshold values of < 30 and ≥ 30. Frequencies of thrombocytopenia (50%) and elevated LDH levels were higher in patients with cycle threshold values of ≥ 30 (p = 0.02 and p = 0.04, respectively). There was a weak but significant correlation between cycle threshold values and CRP levels (Pearson's r = 0.207, p = 0.029). CONCLUSIONS: Symptoms or clinical prognosis were not significantly related to the SARS-CoV-2 viral load levels tested at admission or for the first time within the scope of this study. Thrombocytopenia and elevated LDH rates were higher in patients with cycle threshold values of ≥ 30. A weak but significant correlation was found between the viral load and CRP levels. Large-scale studies are needed to further elucidate this subject matter.

Yoğun Bakımda COVID-19 ile Ílişkili Íkincil Enfeksiyonlar

Amaç: Koronavirüs hastalığı-19 (COVID-19) sırasında gözlenen ikincil enfeksiyonların tanısı karmaşıktır ve ülkemizdeki sıklığı bilinmemektedir. Çalışmamızda yoğun bakım ünitesinde (YBÜ) yatan COVID-19 hastalarında ikincil enfeksiyonların sıklığı ve hastalığın sonuçlarına olan etkileri incelendi. Ek olarak ikincil enfeksiyonlara tanı koymada yardımcı olabilecek bulgular değerlendirildi. Gereç ve Yöntem: Etik kurul onayı alındıktan sonra, ülkemizde enfeksiyon hastalıklarının sürveyansının yapılamadığı Ekim-Aralık 2021 tarihleri arasında YBÜ’de yatan COVID-19’lu hastalarımızın medikal kayıtları geriye dönük olarak değerlendirildi. Hastaların yandaş hastalıkları, vital bulguları, laboratuvar değerleri, organ disfonksiyonları ve tedavileri incelendi. Íkincil enfeksiyonların tanısı için alınan mikrobiyolojik örnekler değerlendirildi. Çalışmada veriler SPSS 23.0 programı ile Mann-Whitney U testi, lojistik regresyon ve ROC eğrisi kullanılarak analiz edildi p<0,05 istatistiksel anlamlılık sınırı olarak belirlendi. Bulgular: Dört yüz seksen beş hastanın yaş ortalaması 69,63±13,48 yıl ve %81,2’sinin yandaş hastalığı vardı. Olguların YBÜ’de yatış süresi ortalama 9,64±8,37 gün olup, %73,4’ü eksitus oldu. Olguların %83,1’inde ikincil enfeksiyon, %71,8’inde yoğun bakım kabulü sırasında ikincil enfeksiyon (toplum kaynaklı, sağlık bakımı ilişkili), %46,8’inde süper enfeksiyon vardı. Olguların %67’sinde alt solunum yolu enfeksiyonu, %23’ünde kan dolaşımı enfeksiyonu, %18’inde idrar yolları enfeksiyonu vardı (Tablo 1). COVID-19 tanısı sonrası ikincil enfeksiyon görülme süresi ortalama 9,62±5,1 gündü. Mikrobiyolojik örneklerde (n=509) en sık Staphylococcus aureus (%17) ve Acinetobacter baumannii (%16,3) saptandı (Tablo 2). Íkincil enfeksiyon gelişen olgular (n=403) gelişmeyen olgularla (n=82) karşılaştırıldığında YBÜ yatış süresi, MV süresi, akut böbrek hasarı sıklığı daha fazla ve sağkalımları daha düşüktü (p<0,001). Íkincil bakteriyel enfeksiyon varlığını prokalsiton değeri ≥0,50 µg/L %55,7 duyarlılık, %95,5 özgünlük, ortalama arter basıncı ≤65 mm/hg %42,5 duyarlılık, %91,2 özgünlük ile ayırt edebilen parametrelerdi (p<0,001). Yoğun bakım kabulünde ve takiplerinde gelişen enfeksiyonların dağılımı (n=485). Sonuç: Çalışmamız COVID-19’da ikincil enfeksiyon oranlarını bildiren ülkemizdeki ilk çalışmadır. Yurtdışı verilerine (1, 2, 3) göre daha yüksek oran saptanmıştır. Söz konusu farka “kanıtlanmış” enfeksiyonların yanında “yüksek olası” ve “olası” enfeksiyonları da saptamamız etken olmuş olabilir. Sonuçlarımız, kritik COVID-19’lu hastalarda ikincil enfeksiyon oranlarının yüksek olduğu ve ikincil enfeksiyonların COVID-19’un sonuçlarını kötüleştirip hastaların sağkalımını düşürdüğü yönündedir. (Turkish) [ FROM AUTHOR] Copyright of Turkish Journal of Intensive Care is the property of Galenos Yayinevi Tic. LTD. STI and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full . (Copyright applies to all s.)

Investigation of Viral Load Cycle Threshold Values in Patients with SARS-CoV-2 Associated Pneumonia with Real-Time PCR Method.

INTRODUCTION: In this study, we aimed investigate the relationship of SARS-CoV-2 viral load cycle threshold (Ct) values with pneumonia. METHODOLOGY: A total of 158 patients in whom SARS-CoV-2 was confirmed in upper respiratory tract (URT) samples with molecular method and who had computed tomography (CT) of the chest, between April 2020 and June 2020 were included in this retrospective cross-sectional study. RESULTS: Mean age of 158 PCR positive patients was 45.22 ± 17.89 and 60.8% of them were male. Pneumonia was detected in 40.5% of the patients on their chest CT. A weak but significant correlation was found between SARS-CoV-2 Ct value detected with PCR in analysis of oropharyngeal/ nasopharyngeal (OP/NP) samples and chest CT score (Pearson's r: 0.197, p = 0.01). No correlation was found between the first detected viral load Ct value and age, gender and mortality. There was no significant correlation between chest CT score and mortality. While the areas remaining under ROC curve for Ct value in analysis of OP/NP samples in prediction of chest CT score ≥ 1, ≥ 5 and ≥ 10 were 0.564, 0.640 and 0.703 respectively. CONCLUSIONS: We found that the amount of SARS-CoV-2 viral load (inverse relationship with Ct) detected in OP/NP samples of patients with COVID-19 pneumonia did not reflect the increasing severity of pulmonary lesions on chest CT. Although primary target of SARS-CoV-2 is all epithelial cells of the respiratory tract we believe studies comparing viral loads in lower respiratory tract samples are needed to determine the severity of pulmonary disease.